Covid-19 : le séquençage des variants s'accélère en Afrique
Longtemps considéré comme le point faible de la lutte contre le Covid-19 sur le continent africain, le séquençage génomique s'accélère enfin.
L'espoir existe ! Alors que l'Afrique ne représente actuellement que 1 % des plus de 3,5 millions de séquences du SARS-CoV-2, le virus responsable du Covid-19, réalisées à ce jour dans le monde, la chasse aux variants s'accélère. Depuis que l'Organisation mondiale de la santé (OMS) collabore avec le South African National Bioinformatics Institute (l’Institut national sud-africain de bio-informatique) afin d’installer un centre régional d’excellence pour la surveillance génomique et la bio-informatique au Cap, en Afrique du Sud, tout le continent rêve de rattraper son retard en matière de séquençage.
Ce centre soutiendra, dans un premier temps, 14 pays d’Afrique australe, en multipliant par cinq leurs capacités de séquençage mensuelles, avant d’élargir son action à d’autres pays. Il "donnera aux pays la possibilité d’avoir un coup d’avance sur le virus", prédit la Dre Nicksy Gumede-Moeletsi, virologue au Bureau régional de l’OMS pour l’Afrique. Avant d'ajouter que "le séquençage génomique trace clairement la voie qui nous permettra de suivre le virus de la Covid-19, de surveiller les mutations susceptibles de générer de nouveaux variants, et d’organiser une riposte efficace et rapide contre un plus grand nombre de variants infectieux".
Analyser les tests positifs
Mais avant de faire du séquençage un élément à part entière dans leur stratégie de lutte contre la pandémie, les pays africains devraient envoyer au moins 5 % de leurs échantillons prélevés sur des patients atteints de Covid-19 au laboratoire de séquençage de référence, ou de continuer à produire des données de séquençage s’ils en ont la capacité. Et c'est l'OMS qui le recommande.
Depuis le début des opérations préliminaires au centre régional sud-africain, en juillet, les activités de séquençage génomique ont quadruplé en Afrique australe. Au premier semestre 2021, les pays de cette partie du continent avaient séquencé 5.510 échantillons, contre 24.000 échantillons en ce moment. Grâce à ce processus, les pays ont pu détecter la présence de variants préoccupants et comprendre leurs effets, surtout en ce qui concerne le variant Delta qui est de 30 % à 60 % plus transmissible et qui est considéré comme le plus contagieux.
Au-delà du Covid-19, le séquençage génomique pourrait révolutionner la santé publique et améliorer la riposte contre d’autres menaces sanitaires majeures. Ces 20 dernières années, cette technique a permis de renforcer les mesures de riposte de la santé publique en Afrique contre l’infection à VIH, la poliomyélite, la rougeole, l’hépatite B et l’hépatite C, le chikungunya, la dengue, l’infection à virus Zika et la fièvre jaune. Les experts estiment que le séquençage génomique peut apporter davantage de solutions. "La surveillance génétique systématique devrait faire partie intégrante des systèmes de santé en Afrique et, à l’avenir, la mise en place de cette infrastructure doit être inscrite au rang des priorités dans les pays", estime la Dre Gumede-Moeletsi.
Source : OMS
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